Kotaro Tsuboyama
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Lecturer (PI) at Institute of Industrial Science (IIS), UTokyo. We study protein function and property using large-scale measurements and machine learning.
Tokyo
Joined November 2019
Thrilled to share that our manuscript on mega-scale folding stability data has been published in @Nature ! Supervised by @grocklin
https://t.co/qY5WFstWxg 1/4
nature.com
Nature - Large-scale assays using cDNA display proteolysis are used to measure the folding stabilities of protein domains, providing a method to quantify the effects of mutations on protein...
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New preprint! We measured temperature- and pH-induced aggregation for over 18,000 natural and de novo designed protein domains!
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日本生化学会大会2日目16:30からのシンポジウム（2S04e: 機能性生体分子の合理デザイン）にて「フォールド空間の体系的探索で見積もるポストエボリューション生物学の可能性」のタイトルで話します。よろしくお願いします！ #JBC2025
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生化学会年会 (@京都) にて、11/4 16:30から @NaohiroTerasaka さんとともに、「機能性生体分子の合理デザイン」シンポジウムを開催します! ぜひご参加ください!
来週の生化学会年会二日目16時半から、@tsuboyamaさんにお声掛けいただき、「機能性生体分子の合理デザイン」シンポジウムを開催します！是非お越しください！ https://t.co/cjXI3zRkeV
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ありがたいことに、申込多数のため参加登録を締め切りました。受付開始してから人数の上限に達するまであっという間でした。この分野の盛り上がりと、こういった集まりに対しての需要があるということだと感じました。
12/10に東京開催のタンパク質デザインの研究会、申込多数のため受付ストップしていましたが、まだ若干枠が残っているので登録再開しました。主催者の想定以上のペースで枠が埋まってしまったので、ご興味がある方はお早めにどうぞ！ https://t.co/7wud4G7k7u
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本日正午からです! 奮ってご参加ください! https://t.co/Uz4ipQs7gT
u-tokyo-ac-jp.zoom.us
Zoom is the leader in modern enterprise cloud communications.
【超越分子システムセミナーのご案内】10/30(木)の12時からオンラインセミナーを開催します。奮ってご参加いただけますと幸いです！ 開催日時：2025年10月30日（木）12：00～13：00 講演者：本⽥ 信吾 先生（ワシントン大学）@akg_entrance、坪山 幸太郎 先生（東京大学）@KotaroTsuboyama
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下記について参加登録を一時停止させていただいておりましたが、再開いたしました! ただし、残りの定員は20名程度ですので、ご興味ある方はお早めにご登録ください! よろしくお願いいたします! https://t.co/2r1vjn9GBh
docs.google.com
生体分子設計研究会 1.0 (2025) 参加登録フォームです。 参加費 (懇親会費も含む) として アカデミア スタッフなど (ポスドク以上) 2000円 アカデミア以外の企業研究者など 5000円 をクレジットカード決済にてお支払いください。(当日の現金などでのお支払いは不可です) 学生・スピーカーの方々はお支払い不要です。 フォーム送信後に下記のメールアドレス宛にコピーが届きます。届か...
@Ag_smith
@MasaSomiya
@akg_entrance
@AiNiitsu212 + 分子研・小杉さんらとともに、タンパク質デザインに関する研究会を企画しています！ぜひご参加ください！ (定員60名予定) 【日時】2025/12/10 (水) 13–17時 【場所】東京科学大学 湯島キャンパス (対面のみ) 【参加登録】 https://t.co/olXSAOh55P
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BoltzGen公開 タンパク質/ナノボディ/ペプチドを単一の全原子モデルで同時に設計・構造予測可能な手法 AlphaFold2/3の構造表現を踏襲し拡散モデルに組み込み、バックボーン構造とサイドチェーンを同一の連続生成過程で生成可能 結合部位や共有結合の条件を与えるとバインダーを生成可能 ソースはリプ⬇️
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2026年度に修士課程への入学を希望している方へ。 私の所属している化学生命工学専攻は、冬の入試（大学院修士課程）を追加で行います！ここ10年以上で初めての試みです。 拡散をお願いします🙏 研究室で一緒に頑張りたいという方、直接連絡ください。
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トークの機会をいただきました！ 同僚とSummer studentsの活躍によってめちゃアツい展開を迎えているプロジェクトの話をさせていただく予定です！
【超越分子システムセミナーのご案内】10/30(木)の12時からオンラインセミナーを開催します。奮ってご参加いただけますと幸いです！ 開催日時：2025年10月30日（木）12：00～13：00 講演者：本⽥ 信吾 先生（ワシントン大学）@akg_entrance、坪山 幸太郎 先生（東京大学）@KotaroTsuboyama
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【お知らせ】筑波大学医学医療系で独立の機会をいただき、次世代シーケンサー解析と観察技術を基軸に、局所翻訳制御の網羅的理解を目指す研究室を主宰する予定です（こんな仕事です https://t.co/aqH8kHqXjz）。一緒に研究してくれる方を探しています！興味のある方、ぜひお気軽にDMください。
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技術書典に初出展です。 初学者向けにColabFoldを用いて、ブラウザでタンパク質立体構造予測を体験できるように解説。応用な内容として、環状ペプチドの予測の実装や最新モデルについての解説も🥳 くろたんくLab | ColabFoldで学ぶタンパク質立体構造予測 #技術書典
techbookfest.org
ColabFold で学ぶタンパク質⽴体構造予測 ColabFold を通じて、AlphaFold2 によるアミノ酸配列からタンパク質⽴体構造予測をどう実践するかをわかりやすく解説した本です。この本を読めば、ColabFold を⽤いて、タンパク質⽴体構造予測の基本が⾝につきます。 創薬の世界において、タンパク質の立体構造を知ることは「鍵と鍵穴」の関係を理解することに等しいです。薬剤分子（鍵...
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寄稿させていただきました！坪山さんありがとうございます。
生体の科学という雑誌で、ゲストエディターとして、「AIにより加速する生体分子デザイン」という特集を企画し、多くの先生方からご寄稿いただきました。生体分子デザインに関する最新の知見を日本語で読むことができますので、ぜひご覧ください! https://t.co/XfkM7nT1l8
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「自然界にない新規な骨格構造を持つタンパク質の設計」という項目を担当させていただきました。国内の専門家の方々が集まって書かれた日本語書籍なので、蛋白質デザインが専門でない方でも分野の先端を概観できる、とても良い一冊だと思います！
生体の科学という雑誌で、ゲストエディターとして、「AIにより加速する生体分子デザイン」という特集を企画し、多くの先生方からご寄稿いただきました。生体分子デザインに関する最新の知見を日本語で読むことができますので、ぜひご覧ください! https://t.co/XfkM7nT1l8
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Excited to share our preprint “BoltzDesign1: Inverting All-Atom Structure Prediction Model for Generalized Biomolecular Binder Design” — a collaboration with @MartinPacesa, @ZhidianZ , Bruno E. Correia, and @sokrypton. 🧬 Code will be released in a couple weeks
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「コンピューターでRNAポリメラーゼをデザインできる日は来るか」と題し、複雑なタンパク質オリゴマーのde novoデザインに関する記事を書かせていただきました。 坪山さん @KotaroTsuboyama お誘いいただきありがとうございます！皆様の記事を読んで勉強させていただきます！
生体の科学という雑誌で、ゲストエディターとして、「AIにより加速する生体分子デザイン」という特集を企画し、多くの先生方からご寄稿いただきました。生体分子デザインに関する最新の知見を日本語で読むことができますので、ぜひご覧ください! https://t.co/XfkM7nT1l8
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ご寄稿いただいた先生方 @m_hama @d_kihara @AraiLab_UT @shintaro_minami @MasaSomiya @akg_entrance @AiNiitsu212 @tkinjo8 @ShunsukeTAGAMI @stkng @ryo_mizuuchi @NaohiroTerasaka 改めて御礼申し上げます! (漏れが有りましたら、大変申し訳ございません。。。)
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生体の科学 2025年4月号 特集：AIにより加速する生体分子デザインに「自己複製するRNA」という題で寄稿いたしました。よろしければご覧ください。 https://t.co/s4uc6dmSVI
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生体の科学という雑誌で、ゲストエディターとして、「AIにより加速する生体分子デザイン」という特集を企画し、多くの先生方からご寄稿いただきました。生体分子デザインに関する最新の知見を日本語で読むことができますので、ぜひご覧ください! https://t.co/XfkM7nT1l8
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生体の科学の4月号、「AIにより加速する生体分子デザイン」特集に、クライオ電顕のモデリングのレビュー論文も載りました。「深層学習を用いた，クライオ電子顕微鏡像に対するタンパク質構造モデル評価と構造モデリング」中村 司・木原大亮 https://t.co/t8aaaGXDpV
igaku-shoin.co.jp
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私も寄稿した「生体の科学」の2025年4月号(坪山先生 @KotaroTsuboyama 企画)がまもなく発売です。「AIにより加速する生体分子デザイン」という特集で、タンパク質・核酸デザインを研究している日本人研究者が勢揃い、最新の知見が日本語で読めるのは素晴らしいと思います。 https://t.co/BZHZ4qlqCz
amazon.co.jp
特集 AIにより加速する生体分子デザイン ■特集によせて AIによる生体分子デザインの動向 坪山幸太郎 タンパク質分子デザインの進歩を振り返る 中村春木 ■I．生体分子デザインを支える計測・機械学習技術 アミノ酸配列に着目した翻訳促進技術の開発 加藤晃代・横山源太朗・中野秀雄・本野千恵・浜田道昭 深層学習を用いた，クライオ電子顕微鏡像に対するタンパク質構造モデル評価と構造モデリング...
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