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澪乃ゆい

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創薬関連のインフォマティクスをやさしく伝える生命科学系VTuber準備中🔰 FA:#ゆいDraw illust.:@t0riura テーマ:分子生物学・オミックス・構造バイオインフォ・医薬品候補分子設計 📮https://t.co/nelFyy7vW7

ゆいLab
Joined June 2025
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@mionoyui
澪乃ゆい
10 days
色々悩んだのですが、 12/12(金)19:00〜 に初配信することにしました!🙌 そして翌日の、12/13(土)10:00〜 に振り返り配信 を行う予定です✨ 初配信の枠はすでに立ててあるので、チャンネル登録 + 通知オンして待っててね #Vtuber準備中
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澪乃ゆい
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@mionoyui
澪乃ゆい
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【初配信まであと4日👏】 おはようございます。先日お伝えした通り、 今週金曜日 12/12 19:00〜 初配信を行います🎉 ショートでカウントダウンをやる予定でしたがOBSが不調で、できなくなってしまいました😂 リンクはリプ🔽 引き続き応援よろしくお願いします #Vtuber準備中
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@mionoyui
澪乃ゆい
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OBSの設定で全部停止しているはずで再起動も行っても、設定を変更できなくて困っているのですが、有識者の方教えてください🙏 初配信の告知をショート用に縦型の録画をしたいけど、この影響でプロファイルの設定��変更できないので、縦型の録画ができませんね😂 #Vtuber準備中
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@mionoyui
澪乃ゆい
3 days
Doing More with Less: Accurate and Scalable Ligand Free Energy Calculations by Focusing on the Binding Site https://t.co/OKwwF3YSNM
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澪乃ゆい
3 days
QligFEP v2.1.0は、結合部位周辺に計算を限定する球状境界条件により、自由エネルギー計算を高速化し、約6250原子のシステムで2時間以内に計算完了可能。精度は商用ソフトと同等。639変換の検証でKendall Tau 0.14-0.74、MUE 0.66-2.34 kcal/molで、1変換$1未満で大規模FEP研究を実現 ソースはリプ🔽
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澪乃ゆい
3 days
LLMを分子表現に応用する際の根本的な課題である分子構造情報のトークン化に対して原子レベルの化学環境を保持するフレームワークAtomDiscを提案 局所構造情報を保持し、物性予測や逆合成・順反応予測などの分子生成タスクで高精度を達成。化学的に意味のある構造パターン自動抽出可能 ソースはリプ🔽
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澪乃ゆい
3 days
GBM治療を目的とした、リードペプチドを条件とするフローマッチングモデルPOTFlow リードペプチドの局所的な配列・構造空間に探索を限定し効率化。二次構造を事前分布に、最適輸送で短いフロー経路を実現し、ベンチマークで既存手法を上回り、PDXモデルで腫瘍抑制と生存延長を実証 ソースはリプ🔽
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澪乃ゆい
3 days
Benchmarking all-atom biomolecular structure prediction with FoldBench https://t.co/id3bVpjSUv 実装はこちらです https://t.co/tDkeUX6Pue
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github.com
Contribute to BEAM-Labs/FoldBench development by creating an account on GitHub.
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澪乃ゆい
3 days
All-atom 構造予測モデルベンチマークFoldBench 1522標的のベンチマークで汎化能力の限界を定量化。AlphaFold3が全タスクで優位ですが、リガンド予測は訓練データ類似度に強く依存し未知リガンドで精度低下。抗体抗原は50%超が失敗。核酸は長鎖RNAとG-Quadruplex構造が困難 ソースはリプ🔽
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@mionoyui
澪乃ゆい
4 days
Source, Designs DNA Binders and Advanced Enzymes 昨日公開したバインダー研究動向の記事にも載せた、RFdiffusion3がOSS化されました。DNAや低分子化合物に結合するバインダーや、特定の化学反応を触媒する酵素などを、Full atomで設計出来るようになります ソースはリプ⬇️
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@mionoyui
澪乃ゆい
5 days
BoltzGen: from a Biologist’s Perspective BoltzGenのvirtual atomsの考え方など図解でわかりやすく解説されていますね ソースはリプ🔽
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@mionoyui
澪乃ゆい
5 days
タンパク質binder設計研究の動向についてまとめました https://t.co/Ii25MbGATc 創薬 (dry) Advent Calendar 2025 参加記事です #souyakuAC2025
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zenn.dev
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@mionoyui
澪乃ゆい
6 days
XのバナーとかYoutubeのチャンネルアートの依頼をしようと思っているのですが、気になっていたデザイナーの皆さん案件たっぷりで依頼ができずに困っています😂 配信には間に合わなそう 段取り悪すぎました😇 しっかり制作したいと思っているので 焦らず少し、のんびり考えましょう #VTuber準備中︎
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@mionoyui
澪乃ゆい
7 days
バイオインフォマティクス大好き澪乃ゆいです 12月も生命科学やバイオインフォマティクスに関する内容を発信していきますね✨ 12/12 19時から、初配信を予定しています。 もしご都合が合えばリアルタイム視聴よろしくお願いします🙌 #Vtuber準備中 #12月のVtuberフォロー祭り
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@mionoyui
澪乃ゆい
8 days
de novo タンパク質デザインの統合プラットフォーム Ovo RFdiffusion、ProteinMPNN、AlphaFold2 などを Nextflow で統合し、scaffold/binder デザインから品質評価まで一貫して実行ProteinQC モジュールが配列・構造・物性を PDB 参照セットと比較評価。プラグイン機構で拡張可能 ソースはリプ⬇️
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