Akane Kawaguchi
@hoyako
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あくまで個人の意見ですので、いいねは備忘録の意味しかないことも多々あります。bluesky@hoyako
Mishima, Shizuoka, japan
Joined November 2012
I am extremely happy to share the news! Our project is finally out in Developmental Cell. If you are interested in a dynamics of chromatin code and positional information in Axolotl regeneration, please check it out. https://t.co/ZSjfQPPBb6
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【論文紹介】Finishing a complete giraffe genome from telomere to telomere with Verkko-Fillet キリンに限らず哺乳類２倍体ゲノムのアセンブリによく使われるVerkko（べるっこ）。これはすごいアセンブラーだけども限界はある ギャップやGraph
biorxiv.org
High-quality genome assemblies are essential for understanding speciation, evolution, and for building reference genomes and pan-genomes. Despite major advances in long-read sequencing technologies...
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We found that most published RNAseq studies may be underpowered: Optimized murine sample sizes for RNAsequencing studies revealed from large scale comparative analysis https://t.co/0xKPaRGe18
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To probe gene-scale chromatin physics, we built 96-mer (20 kb) arrays with defined histone marks. Combining single-molecule tracking, AFM imaging, and developing in vitro Hi-C, we saw how specific modifications dictate chromatin structure and dynamics. https://t.co/yQD07xuXbu
science.org
Reconstituting 20-kb chromatin shows that tuning acetylation alone reshapes its folding, dynamics, and contact domain formation.
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Fantastic news! A MASSIVE CONGRATS to Dr. Torisawa and the team! Active fluctuations of cytoplasmic actomyosin networks facilitate dynein-driven transport: iScience
cell.com
Mechanobiology; Cell biology; Model organism
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国立遺伝学研究所「オンライン公開講演会2025」開催まで、あと2日です。第1部は近藤滋所長ら研究者3名が、研究の最前線から現状報告。第2部「研究者と語ろう」は、大学院説明会を兼ねて開催。遺伝研の19研究室から研究者二十数名が集います。Zoom開催。参加無料です。申込→ https://t.co/G8ZBgMsCmx
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Another opportunity to join @MaxPerutzLabs @viennabiocenter ! If you're looking to start your own lab in a collaborative and supportive environment, I highly recommend it! https://t.co/fhyzB7lxgm
nature.com
Launch your lab at the Max Perutz Labs and join us in our mission to analyze and reconstitute complex biological systems across scales.
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共同研究先の久保田さんが構築された「Click-qPCR」がとても便利なので紹介します♪ qPCRのCT値を入れるだけでdelta delta CT法などで数値化、グラフ化、さらに多群検定まで一瞬でしてくれます しかも複数のreference genesにも対応しています♪ https://t.co/wuFxVH1wmf
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明日（１１月１日）夜１０時からテレ東の「新美の巨人たち」で、拙著「エッシャー完全解読」の一部内容を解説します。モデルの市川紗椰さんと、ハウステンボスで撮影しました。是非ご覧ください。 https://t.co/ejkzrYqfHy
tv-tokyo.co.jp
「新美の巨人たち」番組公式サイトです。
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【研究成果】自分の細胞に光合成する生物を宿して生きる「光共生」。宿主のミドリゾウリムシと内部のクロレラを調べると、栄養が全くない環境でも、細胞内で栄養を再利用する「循環農業」で生き延びていました。光合成と捕食を細胞内で融合させた「生きる閉鎖型循環系」です。 https://t.co/EYeD5nrtfX
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再生を制御する全身応答 ウーパールーパーは一本の肢を失うと、別の肢を失ったときの再生速度が上昇することを発見。これは交感神経系とノルアドレナリンによる全身性のシグナルが重要。局所でmTORシグナルが活性化して再生に備えるらしい 遠隔応答面白いです https://t.co/Q8tvTKu8lH
cell.com
The nervous system regulates a systemic response following amputation that primes distant appendages for faster regeneration upon a second injury, a scenario relevant to salamanders in the wild who...
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【注目プレスリリース】生きた細胞内の「核の硬さ」を直接測定することに成功 ―核の硬さはクロマチンの凝集状態で決まる可能性― / 金沢大学
research-er.jp
2025.10.24 金沢大学 プレスリリース 金沢大学ナノ生命科学研究所(WPI-NanoLSI)の市川壮彦特任助教、河野洋平研究員、志見剛特任准教授、福間剛士教授、がん進展制御研究所の平田英周教授らの共同研究グループは、原子間力顕微鏡(AFM)(※1)を基盤として独自に開発したナノ内視鏡原子間力...
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Clonal Dynamics in the Male Germline from Development to Next Generation
biorxiv.org
Germ cells support the continuation and evolution of species. In mammals, the germline trajectory originates from a limited number of primordial germ cells (PGCs), persists through the lifespan of...
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本日の演習で読んだ。テニュアまでに複数の論文をトップ・ジャーナルに載せるまでの時間管理のお話。いかに損切りするか、など院生には参考になるのでは。Managing Your Research Pipeline | PS: Political Science & Politics | Cambridge Core -
cambridge.org
Managing Your Research Pipeline - Volume 49 Issue 2
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既にPythonのパッケージマネージャはAstral社製のOSS「uv」が事実上完全に制覇しましたので、今はもうカオスはありません。 したがって、数年前までQiitaやZenn等で色々と書かれていたpip, venv, pipenv, Poetry, Rye, conda等のパッケージマネージャや仮想環境周りのヨタ話は全て無視した方が吉です。
@espresso3389 あっ、なるほど。なんか、パイソンってパッケージマネジャでもカオスな雰囲気ですよね。察します。（僕もPythonヘイターです、同士ですね😅）
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Thrilled to share our work on transcription initiation and termination being spatially coordinated out today in Science!
science.org
Transcriptional initiation and termination decisions drive messenger RNA (mRNA) isoform diversity but the relationship between them remains poorly understood. By systematically profiling joint usage...
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今週のScienc-omeは、先日"Science"に発表された論文で、個人的にも聞いてみたかった内容 酵素の向きによって機能が変化するという免疫戦略の新しい膜タンパク質トポロジーの研究
2025.10.1 21:00- The 252th Scienc-ome 講演者：岡崎 朋彦 所属：北海道大学遺伝子病制御研究所 大学院生命科学院 分子細胞生物研究室 タイトル：Flipping membrane proteins to reprogram stress and viral responses -細胞のウラ技を発見！ 登録無料 https://t.co/6cgdiN72b0
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7月に"Science"に講演内容について発表されています ビタミンK依存性酵素 GGCX が、本来とは逆向きに細胞膜に組み込まれると、細胞質側でタンパク質のγ-カルボキシル化が起きることを発見 https://t.co/Nk65yjRBTe
science.org
Mitochondrial antiviral signaling protein (MAVS) is an adaptor involved in antiviral immunity, but its regulation is not fully understood. We identified carboxylation of MAVS by vitamin K (VK)–depe...
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2025.10.1 21:00- The 252th Scienc-ome 講演者：岡崎 朋彦 所属：北海道大学遺伝子病制御研究所 大学院生命科学院 分子細胞生物研究室 タイトル：Flipping membrane proteins to reprogram stress and viral responses -細胞のウラ技を発見！ 登録無料 https://t.co/6cgdiN72b0
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Scienc-ome(サイエンスオーム)の登録ページです。高校生、大学院生、企業の方などの参加もお待ちしております。
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The heterochronic activation of TGF-β signaling drives the diversity of the avian sterna https://t.co/9yAkLsm4Vq
#biorxiv_devbio
biorxiv.org
Adaptive evolution has driven the diversification of vertebrate skeletal morphology, enabling a wide array of locomotor modes and lifestyles. In volant birds (carinates), the sternum develops a...
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