バイオステーション(Bio-station)/ポッドキャスト
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バイオステーションポッドキャストは研究やキャリア選択の裏側を可視化することを目指します。SpotifyやApple podcastなど各種プラットホームで好評配信中です!
Molecular biology
Joined February 2017
ポッドキャスト新エピソードです! 理研でPIをされている荻沼政之先生をゲストに、pHや解糖系の勾配による発生タイミングの制御、キリフィッシュを用いた休眠研究、遺伝研でのPhD生活からフランス/アメリカにわたるポスドク生活、これからの展望についてお聞きしました https://t.co/izzDBBU8Vt
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バイオステーションポッドキャスト Bio-station Podcast · Episode
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マルチリンガルと老化 ヨーロッパ27カ国、86,000人以上を対象とした研究で、複数言語を話す人のほうが老化しづらいことを報告。話す言語が多いほど効果が大きい。 社会経済的な要因とは大部分が独立らしい。 直感的にはそんな気もしますね、、 https://t.co/AzWLSlRPjb
nature.com
Nature Aging - In cross-sectional and longitudinal analyses of 86,149 participants across 27 European countries, Amoruso, Hernandez and colleagues identify multilingualism as a protective factor...
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効率的なDNA挿入技術の開発 リコンビナーゼを用いて、タンパク質進化、機械学習、dCas9との融合などによりDNA配列の効率的かつ特異的な挿入を実現。キロベース単位でのDNA挿入が可能で、幹細胞やT細胞など複数の細胞種に導入可能 https://t.co/NijGuheYFt
nature.com
Nature Biotechnology - Engineered DNA recombinases efficiently and specifically insert genetic cargos without the use of landing pads.
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タンパク質切断の特異性をプログラムする 細菌細胞にとって毒性を持つタンパク質(ガスデルミンD)に任意の配列を結合。切断されたときに細胞が生存する性質からプロテアーゼのタンパク質進化に利用。疾患の原因となるタンパク質を切断するプロテアーゼの開発に成功。 https://t.co/PY3678FOHF
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開始コドン選択によるタンパク質の多様化 開始コドンの位置が変化して単一mRNAから複数のタンパク質アイソフォームが出る例を解析。ミトコンドリア移行配列のマスクや追加によりアイソフォームごとに局在が変化。希少疾患との関連も Truncatedタンパク質意外と多いですね https://t.co/SD8of7bFTK
cell.com
Ly et al. demonstrate that alternative start codon selection generates distinct N-terminal isoforms from a single mRNA, influencing mitochondrial function, evolution, and rare diseases. They uncover...
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1塩基レベルでクロマチン構造を理解 実験とデータ解析の最適化により染色体構造を塩基対レベルでマップする手法を開発。メディエーターがプロモーターの微細構造の構造を制御すること、ヌクレオソーム枯渇領域が長距離接触を駆動することなどを発見 ついに塩基レベルまで、 https://t.co/1zaTIKjvJE
cell.com
Li et al. apply base-pair resolution Micro Capture-C ultra to map chromatin contacts between individual motifs within cis-regulatory elements and reveal a unified model of biophysically mediated...
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オルガネラ内の局所翻訳 分泌タンパク質および膜タンパク質をコードするmRNAの翻訳が、ER内腔のERジャンクションという場所に濃縮していることを発見。リソソームの近接性によってアミノ酸供給が変化し、翻訳効率が制御される可能性 次々と局所の話が明らかに、 https://t.co/DyBN6NhIwZ
nature.com
Nature - Live-cell imaging of mRNA encoding secretome proteins and translated nascent peptide markers show that secretome translation occurs at endoplasmic reticulum junctions near lysosomes,...
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がんに共通するメカニズム? 白血病において見られる異なる変異や融合タンパク質が、核内で相分離したC-bodyという構造体を共通して形成することを発見。核内で他のタンパク質をリクルートして特定の遺伝子群の発現をオンにするとか 変異によらない治療法になると良さそう https://t.co/6CanCoGNbs
cell.com
Mutant NPM1 and various leukemia oncofusions form biophysically indistingishable nuclear condensates, termed C-bodies, which orchestrate leukemogenic gene expression. These findings consolidate...
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新しいタンパク質修飾メカニズム バクテリアのユビキチン化様反応経路が、典型的なユビキチン化とは異なる反応機構を用いることを発見。活性中心のシステインを必要とせず、反応性を低い結合を利用。この経路はバクテリアの免疫応答に関わるかも https://t.co/JxsBWsgzfG
nature.com
Nature Structural & Molecular Biology - Ye et al. define the structure and mechanisms of a bacterial pathway that performs ubiquitination-like protein conjugation, revealing new insights into...
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古代アミノ酸セットでも安定なタンパク質ができるかも 初期の生命が利用可能だったとされる10種のアミノ酸のみを用いたタンパク質を設計。得られたタンパク質は意外に高い熱的および化学的安定性を示す。ランダム変異にも頑健性があり進化可能性を持つ可能性 https://t.co/BDWCzw2zol
biorxiv.org
Early proteins likely arose from a chemically limited set of amino acids available through prebiotic chemistry, raising a central question in molecular evolution: could such primitive compositions...
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ロイシンによるシグナル伝達 アミノ酸のロイシンにミトコンドリア膜タンパク質の分解を抑制する機能があることを発見。これにより栄養状態に応じてミトコン呼吸能力を制御することができる。生殖能力やがんとの関連性も ロイシン大事ですね、 https://t.co/NDzbD9PzS6
nature.com
Nature Cell Biology - Li et al. uncover a connection between metabolic cues and mitochondrial protein degradation, showing that specifically leucine stabilizes outer mitochondrial membrane proteins...
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#100 Everything In Its Right Place 自然科学研究機構・生理学研究所にて独立する萩原賢太さん(@KentaM_Hagihara)ゲスト回。アメリカの現状と脱出に至る過程、立ち上げるラボでのプロジェクト、五十嵐ラボ@東北大、など #NeuroRadio
https://t.co/acPYInYREr
neuroradio.tokyo
自然科学研究機構・生理学研究所にて独立する萩原賢太さんゲスト回。アメリカの現状と脱出に至る過程、立ち上げるラボでのプロジェクト、五十嵐ラボ@東北大、など。 (9/16 収録) Show Notes: Editorial ...
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デザインタンパク質による疾患治療へ 異常なナトリウムチャネルの機能を選択的に制御するde novoタンパク質をデザイン(正常なチャネルには影響が少ない)。異なるナトリウムチャネルに効果的で、てんかんや心不全のモデルで症状を改善 実際の薬ができるのも近そうです https://t.co/S0Z6nJWBSJ
cell.com
De novo protein design was used to engineer a peptide that reverses gain-of-function deficits in voltage-gated sodium channels linked to cardiac arrhythmia and epilepsy.
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凝集体へのRNA隔離と細胞運命制御 生体分子凝集 であるP-ボディ内の転写産物のプロファイリングにより、P-ボディが前の発生段階で特徴的な遺伝子のRNAを隔離していることを発見。miRNAやポリA化により制御され、細胞の運命決定と可塑性を制御しているらしい https://t.co/kKRv7y6652
nature.com
Nature Biotechnology - Stem cell differentiation is controlled by manipulating RNA condensates.
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クジラの長寿の謎に迫る ホッキョククジラは体の大きさにも関わらず、がんが少ないらしい。このメカニズムとしてDNA修復能力を高めていることを発見(ゾウなどとは異なるらしい)。特にCIRBPという因子が重要で、この強制発現でハエでも長寿命に。 https://t.co/m8jiZZeFvp
nature.com
Nature - Analysis of the longest-lived mammal, the bowhead whale, reveals an improved ability to repair DNA breaks, mediated by high levels of cold-inducible RNA-binding protein.
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リボソームの概日リズム リボソームのサブユニットが概日リズムで組み代わることを発見。組み変わるeL31がリズム性翻訳と翻訳終結の忠実度を制御するらしい。ひいてはイオン濃度やストレス応答に影響するとか。アカパンカビの系。 多様なリボソームアツいですね https://t.co/SWTZBQZTbH
cell.com
Lamb et al. show that the circadian clock rhythmically remodels ribosome composition in Neurospora crassa. Clock-regulated incorporation of the ribosomal protein eL31 is required for rhythmic...
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代謝酵素の細胞核での機能 脂肪代謝酵素として知られるホルモン感受性リパーゼが細胞核にも局在することを発見。細胞核でポリメラーゼと相互作用して遺伝子発現を制御。脂肪代謝機能とは独立。この局在は体のエネルギー状態で制御される https://t.co/X2tyvvnVfe
cell.com
Dufau, Recazens, et al. identified the neutral lipase HSL in the nucleus of adipocytes, where it modulates gene expression. The trafficking of HSL between the nucleus and the cytosol is under the...
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遠隔臓器によるがん進行制御 非アルコール性脂肪性肝疾患(NAFLD)が乳がんの発症と進行を促進する可能性を発見。NAFLDの肝臓から放出されるエクソソームが乳房脂肪細胞で腫瘍微小環境を変化させるらしい。バイオマーカーになる可能性も https://t.co/fsa28vJRMD
cell.com
Li et al. demonstrate that fatty livers foster a favorable metabolic landscape for breast cancer via adipocyte-oriented exosomes. These exosomes display tropism to mammary adipocytes through the...
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クロマチン因子がミトコンドリアで働く ヒストン修飾に重要なポリコーム群タンパク質が核内だけではなくミトコンにも局在する可能性を発見。ミト内でも核と同様にタンパク質のユビキチン化を行い、ミトの呼吸などの機能を担う可能性。 本当なら驚きです、 https://t.co/V9yPlhTubj
pnas.org
Polycomb Repressive Complex 1 (PRC1) represses gene expression by ubiquitinating histone H2A or physically compacting chromatin. USP16, one of the ...
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再生を制御する全身応答 ウーパールーパーは一本の肢を失うと、別の肢を失ったときの再生速度が上昇することを発見。これは交感神経系とノルアドレナリンによる全身性のシグナルが重要。局所でmTORシグナルが活性化して再生に備えるらしい 遠隔応答面白いです https://t.co/Q8tvTKu8lH
cell.com
The nervous system regulates a systemic response following amputation that primes distant appendages for faster regeneration upon a second injury, a scenario relevant to salamanders in the wild who...
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概日リズムの季節変化適応 季節によって日照時間が変わるため、体内時計を調��する必要がある。今回食事中の脂肪酸の比率が季節への適応力を制御することを発見。Per2のリン酸化が大事。現代の食事は季節のミスマッチを引き起こし健康問題の一因になる可能性。面白いです! https://t.co/dF7wRlCjQL
science.org
The circadian clock maintains synchrony between biological processes and light/dark cycles by integrating environmental cues. How the clock adapts to seasonal variations in the environment is...
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