OKI, Shinya（沖 真弥）
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Developing an integrative ChIP-seq database (ChIP-Atlas) and a spatial transcriptome technology with photo-isolation chemistry (PIC) in Kumamoto Univ, Japan.
Kumamoto University, Japan
Joined June 2021
#ChIPAtlas Our paper about a major update of ChIP-Atlas is out! ChIP-Atlas 3.0 provides not only ChIP-seq, ATAC-seq and Bisulfite-seq data, but also Hi-C, ChromHMM, GWAS SNPs and eQTLs data. Great contribution from @ZhaonanZou and @inutano !
academic.oup.com
Abstract. ChIP-Atlas (https://chip-atlas.org/) presents a suite of data-mining tools for analyzing epigenomic landscapes, powered by the comprehensive inte
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我々のGWASとTWASの融合による創薬標的予測論文をプレスリリースしました。 「希少疾患の創薬標的分子を予測できるAIを開発 〜ゲノムと遺伝子発現を融合し、難治性疾患の治療法の開拓へ〜」 https://t.co/Fulxxya5Uq
nagoya-u.ac.jp
名古屋大学大学院情報学研究科の難波 里子 研究員、山西 芳裕 教授の研究グループは、ゲノムワイド関連解析（GWAS）とトランスクリプトームワイド関連解析（TWAS）の融合により、任意の疾患の病態メカニズムを反映した疾患遺伝子発現プロファイル...
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Extraction of biological terms using large language models enhances the usability of metadata in the BioSample database https://t.co/qOAhepk2IA
#biorxiv_bioinfo
biorxiv.org
BioSample is a comprehensive repository of experimental sample metadata, playing a crucial role in providing a comprehensive archive and enabling experiment searches regardless of type. However, the...
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🚀 Excited to share our new preprint on bioRxiv! Discover MEGA-FISH: a GPU-accelerated Python framework delivering up to 10x faster processing for massive spatial omics images. Perfect for applications in cancer research, neuroscience, and beyond. 🌟 Empower your research today!
biorxiv.org
Spatial omics enables comprehensive mapping of cell types and states in their spatial context, providing profound insights into cellular communication and tissue organization. However, analyzing...
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核形態情報から心不全の医療診断や予後診断を行う我々の論文が、Bioinformatics誌に出版されました。Vision Transformer を用いて、心臓組織の細胞核形態画像から心不全の可能性、DNA 損傷マーカーを含む二重染色画像から左室逆リモデリング (LVRR)を予測します。 https://t.co/xt0CzF1Inl
academic.oup.com
AbstractMotivation. Heart failure (HF), a major cause of morbidity and mortality, necessitates precise diagnostic and prognostic methods.Results. This stud
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Our new paper is out @NatureCellBio🥳It shows how major epigenetic OFF mark, H3K27me3, is newly established at the beginning of life. This work was mainly carried out by a talented PhD student, Masahiro Matsuwaka👏 https://t.co/N6C07WNcqJ
https://t.co/E8DZ3Z6nNf Short summary↓↓
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出張で京都大学の芝蘭会館に宿泊しているのですが、トイレのフタを開けたら、なんとヤモリが！ めっさ可愛いし、ていうか、なんでそこにおったん？？
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漢方薬リポジショニングに関する我々の論文がMolecular Informatics誌に出版されました。漢方薬を構成する生薬の比率を考慮し、生薬成分化合物群が複合的に作用する疾患関連パスウェイの制御の視点から、漢方薬の新規効能や作用機序を探索する情報技術を開発しました。 https://t.co/T0jEcuhjxh
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I'm happy to announce that I will become a PI and start my lab at Osaka University this October!! I will be joining the Research Institute for Microbial Disease (RIMD) and the Premium Research Institute for Human Metaverse Medicine (PRIMe) at Osaka University.
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ほぼ日刊イトイ新聞にご取材いただき、ハダカデバネズミ連載スタートです！
新連載はじまりました！ 老化しない。がんにならない。寿命はネズミの10倍以上。謎につつまれたハダカデバネズミから「老いと死」について考えます。日本のハダカデバネズミ研究の第一人者「くまだいデバ研」の三浦恭子さんにお話をうかがいました。 https://t.co/Xt23PvHI0V
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🆕プレスリリース！ 発生医学研究所の衛藤 貫特任助教、中尾光善教授らは、老化細胞による炎症反応を促進する酵素「ACLY」とその阻害効果を初めて発見しました。今後、細胞老化による慢性炎症の制御法の開発に繋がることが期待されます。 ▼詳細はこちら https://t.co/bvKNJt4ZkW #熊本大学
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我々のiScience誌に出版された論文ですが、日本語でプレスリリースしました。AlphaFoldで得られた全タンパク質の立体構造を用いて、約8千種類の既存薬と約2万種類のヒトタンパク質の全対全のドッキングシミュレーションを行い、薬効や毒性・副作用を予測する内容です。 https://t.co/TCZrBXVNcf
nagoya-u.ac.jp
名古屋大学大学院情報学研究科の坂尻 由子 研究員、山西 芳裕 教授、岡山大学学術研究院医歯薬学域の澤田 隆介 助教、九州工業大学院情報工学研究院の柴田 友和 研究員の研究グループは、AlphaFold注3）に代表されるAI技術で得られた全て...
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Thrilled to share our latest ChIL technology is finally out as single cell multiomics. The manuscript titled "Tracking chromatin structure changes by single-cell multi-epigenomics with RNA polymerase II binding profiles" is opened on https://t.co/8vOn7QNeHs.
researchsquare.com
Transcription factor-bound chromatin structures regulate cell lineages in multicellular organisms. Single-cell epigenomics has the potential to reveal lineage determination on chromatin structure,...
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日経クロステックで、我々のオミクス情報に基づく創薬AIの研究が、「常識を超えた創薬をAIで実現、遺伝子の発現や化合物の合成にも着目」というタイトルで紹介されました。 https://t.co/oxbdsQn0oB
xtech.nikkei.com
産学連携の創薬AI（人工知能）プロジェクト「DAIIA」では、従来の創薬プロセスを効率化するAIだけでなく、「近未来的な創薬」（名古屋大学大学院情報学研究科複雑系科学専攻の山西芳裕教授）を実現するAIの開発も進めている。従来の創薬AIでは発見するのが難しかった「チャレンジングな創薬」を実現し、日本の製薬企業が競争力を高める。
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拡散希望！ 10月より理研・横浜でユニットを立ち上げるにあたり、研究員およびパートタイマーを募集します。ご応募お待ちしております。 ◆特別研究員または研究員募集（Y24008） https://t.co/Z1iXVBdv98 ◆パートタイマー募集（Y24009） https://t.co/YNhqYLD8ZJ
https://t.co/fUjltSwdAi
riken.jp
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岩崎研にきてからメインでずっとやってた仕事がついに @NatureSMB から出版されました！翻訳活性化因子eIF4A1が飢餓時の翻訳抑制においてはむしろ抑制を強めるように働く、という内容です。共同研究者の皆様、この仕事をサポートして頂いた皆様に感謝します！ https://t.co/eO23PzSKKu
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🆕プレスリリース 生命資源研究・支援センターの鄒 兆南助教ら研究グループは共同研究により、世界最大規模のエピゲノム統合データベースChIP-Atlasのメジャーアップデートを実施しました。遺伝性疾患の解明、新規創薬標的の探索、再生医療などの分野への応用が期待されます。 https://t.co/ocP0e2RpM0
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【注目プレスリリース】世界初、がんの進行を捉える空間オミクス技術の開発に成功 がんの個別化医療に不可欠な治療介入点の決定に大きく前進 / 九州大学
research-er.jp
2024.05.09 九州大学 プレスリリース ポイント世界最高となる組織内のタンパク質 206 種の同時検出を達成1個人の検体から、がんの進展に伴う転移性がんへの変化を捉えることに成功変化を司る分子を決定し治療介入点を個人レベルで行うことが期待できる概要がんや各種疾患における治療戦略は、治療効果を...
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Congratulations to Kosuke and Takeru! PECAbs (Peekaboo) technology has been published on Nat commun. https://t.co/hYnu8jFxIT hope everyone will try it. #Spatial omics #sequential immunofluorescence
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Our paper entitled “Galectin-10 in serum extracellular vesicles reflects asthma pathophysiology” has been published in Journal of Allergy and Clinical Immunology. This is a collaboration with medical doctors at Osaka University Hospital. https://t.co/MKKAaViXhh
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