Kazuki Takahashi
@protist_in_gut
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Ph.D. / microbial genomics / RIKEN BRC-JCM / Hosokawa lab. (Waseda university)
Tsukuba-shi, Ibaraki
Joined December 2019
Obsidianの中でRが実行できるようになるプラグイン Ridian https://t.co/1G2UOf4pRX ObsidianとRStudioの行ったり来たりから解放されるの本当に嬉しい
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【新規論文】バクテリアのシングルセルRNA-seqの研究開発動向に関するReviewです。Nature2025年注目のテクノロジーに選出された技術の今を掴めます。 https://t.co/SyEq2Ff4sR
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Facultative endosymbiosis between cellulolytic protists and methanogenic archaea in the gut of the Formosan termite Coptotermes formosanus https://t.co/b46caowpIC
#bioRxiv
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Our paper is out on Royal Society Open Science! We investigated the dynamics of the symbiotic protist community in the termite gut during host development and dispersal.
royalsocietypublishing.org
The fidelity of vertical transmission is a critical factor in maintaining mutualistic associations with microorganisms. The obligate mutualism between termites and intestinal protist communities has...
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微生物生態学会の和文誌で、国際学会見聞録を執筆させていただきました。 昨年の夏にポルトガルで開催されたサマースクールへの参加報告です。 ポルトガル珍道中、ぜひご覧ください！ https://t.co/Dzaq5iCFfX
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日本微生物生態学会 第36回大会でRising to the Challenge Awardを受賞しました。 発表を聞いてくださった皆様方、ありがとうございました。 これからも精一杯研究を進めていきます。
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やっと論文の宣伝ができました... 進化学会中に掲載されたのですが、学会中は忙しく、帰ってきたら学会でもらってきたのかコロナで発熱し... とりあえず続きの研究もがんばります。
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Our new paper is out! We found a endosymbiotic Clostridia within the cells of protists in termite guts. Our results indicated that the clostridial endosymbionts are obligately-intracellular parasites like Chlamydia and Rickettsia. https://t.co/pUS9nOoBnD
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動物消化管や土壌等、様々な環境に生息する細菌グループ、Clostridia綱の中に、細胞内寄生細菌が出現していることを示した論文が掲載されました。 Emergence of putative energy parasites within Clostridia revealed by genome analysis of a novel endosymbiotic clade https://t.co/pUS9nOoBnD
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Rでがんばってきれいな図を作ったはいいけれど、いざポスターに載せてみると幅とりすぎて「これなくていいかな…」って気分
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ゲノムのマニュアルアノテーション、大急ぎで終わらせたはいいけど「これSD配列無視してない？」みたいなミスがあとから見つかって、走れば躓くというやつ
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週3回しか研究室行けないから今日はだらだら家で調べものしてたけど、思わぬ発見があって嬉しかった。 文献調べてもやが急に晴れるの楽しい（けど英文読むの遅くて悲しくなってくる）。
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完成したゲノムから5S rRNA見つからないなぁーって思ってたんだけど、barrnapじゃなくてrnammer使ったら出てきた なんかもやもや���るしソフトの中身少しは勉強しようかな ちゃんと理解してないとツールに振り回されることを実感しました
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せっかくPCRしてgap fillingしたのに、ふと思いついた条件でアセンブルしなおしたらあっさり丸まってしまった まあ比較・精査する材料が増えたと思えばいいか...
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nanoporeのリードでアセンブルすると200以上あったcontigが環状の1contigになるからほんとにすごいけど、ミスアセンブルが怖いな〜 怪しい領域はがんばってPCR！
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