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Chaque semaine, un ou une biologiste partage son quotidien dans la recherche! Inscrivez-vous : https://t.co/z3GfuX1sGU
Joined February 2015
Voici le programme de la semaine @IAME_Center x La Bio Au Labo 🦠🔬 Lundi : Rémi Gschwind Mardi : Imane El Meouche Mercredi : Lucile Vigué Jeudi : Benoit Gachet Vendredi : Antoine Bridier-Nahmias Retrouvez leurs bio ici 👉 https://t.co/5dEgzPThZf On vous attend nombreux 🥳
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J'étais ravi de partager ce vendredi avec vous, j'espère que cette semaine dans l'unité 1137 IAME ( https://t.co/tNtR0eJcxm) vous a intéressé ! Bon week-end, Antoine.
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Blazing-fast image creation – using just your voice. Try Grok Imagine.
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Vous aurez aussi compris aux nombreux points d'interrogation que j'ai besoin d'aide. Je compte sur Lucile Vigué dont vous avez suivi la journée mercredi !
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Nous espérons avec cette méthode mettre à jour des traits particuliers du génome du HIV et peut être proposer une généralisation de cette méthode à d'autres génomes. Ces travaux en sont à un stade plus que préliminaire et il est possible que cela ne marche pas du tout !
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Il s'agit ici de compter des k-mers, c'est à dire des morceaux de séquences de taille k (ici 31). Les séquences proviennent d'une base de données de génomes du HIV et notre but et d'essayer d'y appliquer un modèle de physique théorique développé au début du 20ème siècle.
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"Le vivant malgré sa grandeur parle un tout petit alphabet" Changement d'ambiance à nouveau pour l'après midi, je compte des k-mers ... (Regarder défiler les chiffres et les lettres, c'est en quelque sorte une variante des vaches qui regardent passer les trains.)
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"And now, for something completely different" (Monty Python's, 1971) Préparation des ED de biochimie pour mes étudiants de PASS (Parcours Accès Santé Spécifique, ex-PACES, ex-PCEM1, souvent appelée à tort première année de médecine ou tout simplement P1)...
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Notre dernier séquençage n'a pas fonctionné comme prévu et je suis entrain d'essayer de comprendre pourquoi les reads produits sont d'aussi mauvaise qualité (nous pensons à un réactif ou à un consommable un peu trop vieux) ...
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C'est la conjonction des deux qui nous permet d'obtenir des séquences de génomes bactériens de bonne qualité.
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Le premier séquenceur génère des reads (lectures de fragments d'ADN) très courts avec un taux d'erreur très faible, le second au contraire, génère des reads d'une taille théoriquement infinie mais d'une qualité moindre.
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Après avoir répondu à une bonne quantité de mails (je vous épargne une photo illustrative), je me suis rendu dans un de nos laboratoires L2 qui héberge deux séquenceurs très différents et très complémentaires, le MiniSeq d'Illumina et le GridION d'Oxford Nanopore.
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Traverser Paris sur son axe nord-sud à vélo permet de voir de jolies choses le matin et le soir. Bon, le prochain tweet aura une teneur plus scientifique, c'est promis !
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Bonjour à toutes et à tous, je suis Antoine Bridier-Nahmias, et je vais animer le compte aujourd'hui tout au long de la journée. "Pour bien faire, il faut bien commencer" (Mary Poppins) Voici donc comment bien commencer...
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C’est tout pour moi ! J’espère avoir réussi à vous partager ma journée Je vous laisse avec une photo d’une partie de mon équipe 🍻🍻
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Et voilà à quoi ressemble une librairie de transposon ! Il y a, ici, devant vos yeux ébahis, environ 3 milliards de bactéries 🦠#microbiology
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Évidemment je n’isole pas unique sur 1 gélose mais sur 60 ! D’après vous combien de colonies il y a-t-il sur la gélose ?
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Voici les résultats obtenue lors d’une précédente expérience. Sans rentrer dans les détails, le pool de bactéries (donneuse et notre souche d’intérêt) est isolé sur une milieu avec deux antibiotiques permettant de sélectionner seulement notre souche d’intérêt ayant un transposon.
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En début de semaine j’ai lancé les pré-cultures des souches afin que les bactéries poussent toute la nuit. Hier j’ai mis en contact les deux souches sur la gélose, incubation 1h30, puis on récupère nos « spot » dans du sérum physiologique.
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VoilĂ un petit rĂ©sumĂ© de la matinĂ©e, au menu: - coulage de boĂ®te de milieux 🧫 - lancement de manip de conjugaison đź¦
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En mettant « en contact » notre souche d’intérêt avec cette souche donneuse, la souche donneuse va transmettre son plasmide à notre souche d’intérêt contenant la machinerie du transposon. C’est ce que l’on appelle la conjugaison. Maintenant place à l'action ! (5/5)
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