いよいよ別れの時がやって来た。後夜祭のあと、近くの公園に集まった瞳美と琥珀、そして写真美術部の一同。部員たちは、未来に旅立つ瞳美に向け、それぞれ胸に抱いた思いを伝える。そして大切な友人たちからの言葉に、瞳美が感謝の気持ちを話そうとしたその時、時間魔法の鍵を握る星砂時計に異変が……。瞳美を助けようとした唯翔とともに、ふたりは忽然と姿を消してしまう。

幼い頃に色覚を失ってしまった、魔法使い一族の少女・月白瞳美。祭りの夜、彼女は祖母の琥珀から「高校２年生の私に会いに行きなさい」と告げられ、魔法で60年前の過去へと飛ばされる。気づくと彼女は、南ヶ丘高校に通う高校生・葵唯翔の部屋にいた。自分の身に何が起きたかわからず、あわてて部屋から逃げ出す瞳美。しかしその姿が、唯翔の友人である川合胡桃たちに目撃されていて……。

いつも通りの朝。いつも通りのドラゴン娘たち。何一つ不満のない、かけがえのない平凡な日常。だが小林さんの中には、終焉帝の話を聞いてから、ほんの少しだけ重い何かが転がっていた。でもそれが何か判然としない。もやもやとする中、待ちに待った夏祭りが始まる――。

ある日、いつものように家に帰った圭太は、食事の時に両親の姿がないことに気づく。どうやら両親は町内会の旅行で明日の夜まで帰ってこないらしい。あことりこは、この機会を逃すまいと圭太に迫る。圭太は２人の誘惑になんとか耐えるが、翌朝、厳重にかけた自室の鍵はすべて破られ、両隣には彼の腕枕ですやすやと眠るあことりこの姿があった。なけなしの理性で二人をふりきり、学校へ行く圭太。部屋に残されたあことりこは、ゴミ…

〈モルフォ〉討滅作戦は成功し、シンたちは「生きて連邦に帰る」という約束を果たした。つかの間の休息を謳歌した後、再び前線部隊への従軍を希望した彼らは、エルンストからとある通達を受ける。共和国の絶死の戦場を超え、辿り着いた連邦での新たな出会い。戦い、苦悩し、その先で見た一筋の希望。少しずつ動き出した少年少女たちの物語。進み続けた旅路の果てで、彼らの瞳に映るものは――。

「羊飼い」との戦いを経て、その先へと歩み始めた隊員たちは、ついに共和国の管制から外れた。戦いを強制されることのなくなった環境下で、先を急ぐ旅でもないのだと自然の移ろいを楽しみながら、あてのない前進を続ける隊員たちとファイド。しかしレギオンの脅威は常に彼らのそばにあった。旅のさなか、ファイドから近くに街があることを聞き、様子を伺いに立ち寄ることにした隊員たち。そこでシンは、ある声を耳にする――。

ギアーデ帝国が開発した完全自律無人戦闘機械〈レギオン〉の侵攻に対応すべく、その隣国であるサンマグノリア共和国が開発した無人戦闘機械〈ジャガーノート〉。だが、無人機とは名ばかりであり、そこには“人”として認められていない者たち――エイティシックス――が搭乗し、道具のように扱われていたのである。エイティシックスで編成された部隊〈スピアヘッド〉の隊長である少年・シンは、ただ死を待つような絶望的な戦場の…

「サマーゴーストって知ってる？」ネットを通じて知り合った高校生、友也・あおい・涼。都市伝説として囁かれる“通称：サマーゴースト”は、若い女性の幽霊で、花火をすると姿を現すという。自身が望む人生へ踏み出せない"友也"。居場所を見つけられない"あおい"。輝く未来が突然閉ざされた"涼"。彼等にはそれぞれ、サマーゴーストに会わなくてはならない理由があった。生と死が交錯する夏の夜、各々の想いが向かう先はー。

バレンタイン。トールは身も心も小林さんを手に入れようと、媚薬入りの特性チョコを作る。小林さんはトールのそんな下心を見抜き、見事に受け取りを回避するのだったが、ひょんなことから媚薬チョコを口にしてしまう……。／心機一転、今度は温泉旅行に向かう一同。エルマたちドラゴンと、才川や翔太君までみんなが勢揃い。そんな楽しい旅行の中、トールは小林さんへもう一度チョコを渡すタイミングを一人うかがっていた――。

バッカスファンが詰めかけるアウェイな状況のなか、りりさ達の演奏が始まる。気合十分で臨むりりさに対して、音羽は観客を意識した選曲やパフォーマンスに、ひとり辟易していた――。りりさの魂剥き出しのプレイは、この状況を打破することができるのか……！

対バンライブが終わり、りりさ達への拍手はゼロで勝負は惨敗に。だが、そんなことそっちのけで互いのプレイを罵り合うりりさと音羽。環はそんな二人を見て、音羽がりりさを選んだ理由を察する。環の残留を勝ち得たビターガナッシュだったが、対バンを経て環には本当にやりたい楽器があることに気付き……。

吹奏楽団「レッドファミリア」のヘルプメンバーとして町の演奏会に参加することになったりりさと音羽。嫌味なプロシンガー・石谷ジュンから歌のない吹奏楽を見下された二人は、打倒・石谷に闘志を燃やす。メンバーを巻き込み、観客を熱狂させるりりさと音羽だったが、偶然会場に居合わせた愛莉珠に目撃され――。